2Moose(57964)

вот тяжело с тобой говорить.. не знаю, как ты со студентами общаешься..
С одной стороны, вот возник у меня вопрос про непостоянность скорости мутации - ты его увидел и четко ответил. Нормально, я, непрофессионал, понял суть со второго раза. А вот тут - затык какой-то. Ты не отвечаешь на мои аргументы, ты повторяешь одно и то же, фактически игнорируя то, что говорю я. Я вполне допускаю, что это я тупой, а не ты, но ты, как ученый и специалист в данной области, просто обязан уловить суть моего непонимания и дать на него четкий ответ. А ты именно в этом моменте его не можешь дать уже после доброго десятка итераций. Я уже начинаю сомневаться, то ли я тупой, то ли у тебя глаз замылен и ты просто не видишь того, что вижу я, соверешенный дилетант. Так бывает :) Вчитайся в то, что пишу я, мож все-таки ты чего-то не понимаешь?

2Moose(57960)

"Ты то может говоришь об индивидуальной генеалогии но Клёсов то нет. Он говорит о сравнении групп людей в разных выборках имеющих несколько различий в ДНК общего происхождения."

Ну я не читал все его творчество, но то, что прочитал говорит именно о том, что он рассматривает индивидуальную генеалогию. Вот, например из той же статьи:

"Например, при рассмотрении 750 19-маркерных гаплотипов басков (Пиренеи), род (гаплогруппа) R1b1b2, оказалось, что все они содержат 2796 мутаций от гаплотипа, равноудалённого от всех (это и есть предковый гаплотип, так как мутации происходят в подавляющем большинстве совершенно неупорядоченно, со степенью симметрии 0.5 в любую сторону, «вверх» или «вниз» по значению аллелей). Это означает, что общий предок всех 750 басков жил 3625±370 лет назад."

Т.е. тут он взял 750 басков и задался целью найти их ближайшего общего предка. Конкретно этих 750 человек. Может в других местах он что-то другое делает, тут не знаю..

"Вот к примеру тебе задача. В популяции А и в популяции Б преобладает исходная гаплогруппа Х, но в популяции А есть два отличия по нуклеотидным полиморфизмам от популяции Б. Когда разошлись эти популяции?"

Тут согласен, что важна популяционная фиксация. Но подобной постановки вопроса я у Клесова не видел.

2Moose(57952)

нет! я говорю именно об индивидуальной генеалогии. И Клесов говорит тоже о ней. У него определение популяции - любой набор людей. И он ставит задачу найти сколько поколений назад жил ближайший общий предок этой конкретной группы людей, т.е. он именно определяет степень родства случайной выборки людей. Это чистая генеология, тут нет никакого закрепления в популяции. Для меня эта задача абсолютно строго переводится на язык математики (случайных процессов), там случайное блуждание с определенной вероятностью, из одного исходного гаплотипа возникает облако гаплотипов, определяя его дисперсию можно оценить число поколений, требуемое на то, чтоб такое облако возникло.
Другое дело, что связь этой задачи с происхождением нации, скажем, неочевидна, она подразумевает, что если мы берем достаточно большую и случайную выборку потомков одного человека, то их ближайщий общий предок будет совпадать с ближайшим общим предком ВСЕЙ популяции. Для достаточно большой выборки - это правильно, но является ли его выборка, скажем, из 150 басков достаточно большой и достаточно случайной - это вопрос.

2Moose(57953)

ок

2Moose(57931)

"То есть если ты оцениваешь временной промежуток только исходя из вероятности возникновения мутация, не учитывая того с какой вероятностью она выживает, ты можешь получить неточные цифры, верно?"

Верно. Мы, видимо, о разных вещах говорим.
Еще раз, то что мутация может не выжить - мне понятно. Но в данном случае важны только внутренние причины, которые мутацию убивают, т.е. причины, по которым мутация у меня возникла, но моему сыну не передалась. Не знаю уж точно механизмы такого, но ты сказал, что такое есть, верю.
Мое утверждение состоит в том, что если я хочу найти сколько поколений назад жил общий предок определенной группы людей, то я должен учитывать ТОЛЬКО такие внутренние причины того, что мутации не закрепились. Причины популяционные, т.е. типа таких, что у какого-то носителя мутации не было потомков мужского рода, тут учитывать не нужно. Просто потому, что при такой постановке задачи (найти ближайшего общего предка заданной группы людей) я знаю, что мужская ветвь заведомо имеется. Я ж изучаю не что будет потом, а что было раньше. А отец есть у каждого человека с вероятностью 100%. В отличие от сына, которого может и не быть.

"И про "произошла", тут смешение понятий. Не более двух раза за историю человечества закрепилась и не выпала, а произошла может существенно чаще, так я понимаю. Не забудь к тому же что на протяжении большей части истории человечества его численность была на несколько порядков ниже чем сейчас. "

Я про это и говорю. Ну значит понял тут правильно.

2Moose(57921)

"1) превращение повреждения в наследуюмую мутацию (это в действительности сложный физиологический процесс на который многое влияет - пбольшинство первичных повреждений убираются клеточными системами репарации, которые однако и сами не безошибочны); 2) закрепление мутации в популяции (об этом мы уже говорили)."

1-е тоже не константа? Это все-таки очень низкоуровневый процесс, на уровне молекул или клеток, почему там могут меняться частоты?
2-е неинтересно для данного вопроса, потому что речь идет о данных и в явном виде непрервавшихся цепочках.

"Тут я не очень понял в чём вопрос, поэтому если можешь, поясни подробнее."

Читаю ссылку ДД
http://rugiland.narod2.ru/geneticheskie_klassifikatsii/dnk-genealogiya_osnovnie_printsipi_opisanie_sovremennogo_sostoyaniya_nauki_metodi_raschetov_vremen_zhizni_predkov_rodov_plemen_dnk-genealogicheskih_linii/

там дано определение снипа, образующего гаплогруппу:
1)снип, образующий гаплогруппу, должен происходить со скоростью, не превышающей 5×10-7/поколение,
2)снип должен происходить не более двух раз за всю историю человечества.

Вот я и не понял, что именно должно происходить с вероятностью 5х10-7 на поколение. И главное, на поколение чего. Конкретного рода или популяции.

2Moose(57924)

Про генеологию-то понятно, но это малоинтересно. Вопрос как раз про порядки времен 10ки тысяч лет. Вот как там калибровать непонятно. Ну нашел ты кость человека, ну датировал ты ее 25 тысяч лет назад. Ну выделил из нее ДНК. Дальше-то что? Где ты найдешь прямого потомка этой кости, чтоб определить, сколько там поколений прошло?
И это не говоря о том, что не только частоты могут меняться, там и величина поколения может меняться.


2Moose(57925)

не понял. Там же частоты типа 0.09 были. Или это о чем-то другом?

2D.D.(57892)

я не мус, я с тобой няньчиться не горю желанием. Когда ты задаешь вопрос про то, есть ли у меня закрепленная мутация, я тебе объяснию, что твой вопрос бессмысленен, объясняя, что такое закрепление мутации. И когда после этого ты спрашиваешь про цель исследования, да еще и практиическую от того, будут у меня внуки по мужской линии или нет, я очень быстро убеждаюсь, что ты нихрена не понимаешь в теме, о которой пытаешься рассуждать. Клесов, наверно, понимает, а ты - нет. Поэтому звиняй, с этой темой я с тобой готов разговорить исключительно в формате "учитель (я) объясняет тупому ученику (тебе) основы научного подхода. Тупой ученик смотрит в рот учителю и признает его неоспоримое интеллектуальное превосходство". Не нравится такой формат - тему закрываем.

2D.D.(57888)

чушь во-первых потому, что древние рода с хронологие это мало, надо еще все-таки днк у них у всех извлечь. Во-вторых, потому что если есть род с хронологией, а задача посчитать сколько лет на поколение, то как бы днк тут вообще не при чем. В-третьих, рода эти максимум лет на 500 идут, ну на 1000. А утверждения он делает о десятках тысяч лет. В-четвертых, про древние рода - это ты сам придумал, а он пишет совсем другое, типа если взять 25 лет будет одна вероятность мутации, а если 30 лет, то другая, при этом сам же он пишет, что вероятность мутации определяется независимо, это независимый параметр в его рассчетах, его калибровать нельзя.

По второму вопросу. То, что ты его задал, показывает, что ты просто не понимаешь, о чем разговор. С уверенностью сказать, что мутация закрепилась можно будет только через десяток поколений. Просто потому, что я не знаю, будет ли у моего сына - сын. И если будет, будет ли у него сын. И так далее. А учитывая то, что нынче в Европе у семей 1-2 ребенка обычно, то вероятность того, что моя мутация рано или поздно пропадет близка к 100%.

2поляк(57879)

с рюриком есть варианты, да..

2D.D.(57872)
А я тебе еще раз повторяю, что то, что я есть - это хорошо, но чтоб отмотать пленку назад, не всегда достаточно знать вероятность возникновения единичной мутации. Чтоб найти ближайшего общего предка вроде бы достаточно (хотя вопрос, откуда берется 25 лет на поколение и почему это считается константой остается открытым). А вот чтоб датировать хронологию цифилизаций - уже далеко неочевидно, что этого достаточно, там возникает множество явных и неявных предположений. В каждом конкретном случае надо разбираться отдельно.

Но про снипы у меня вопрос чисто про определение, что значит эта вероятность 5*10^-7. Это явно не вероятность единичной мутации, это что-то другое.

2Dingo(57859)

гаплогруппу определил у него?

2поляк(57855)

интересно же :)

Читаю ссылку ДД, пару вопросов по ходу чтения возникли.
1) Все-таки я перестал понимать, какое значение имеет вероятность закрепления мутации в популяции, если вопрос ставится "найти последнего общего предка". Вот есть 100 человек, я вижу у них облоко мутаций, провожу статистический анализ и делаю вывод, что у этих 100 человек предок жил 5000 лет назад. Какое мне дело до того, сколько мутаций не закрепилось и исчезло через пару поколений в глубине веков? Я рассматриваю вполне конкретные мужские линии и о них делаю утверждение, вроде бы строгое с точки зрения статистики. Понятно, что таким образом я не обязательно установлю возраст популяции и не отлечу массовый мор от чумы от, скажем, угоняния в рабство или перехода через гималаи трех братьев с женами, но все-таки..
2) Про снипы не понял.

снип, образующий гаплогруппу, должен происходить со скоростью, не превышающей 5×10-7/поколение,

Это же значит, если взять 100 миллионов русских с гаплогруппой R1a1, то через пару поколений этот снип у кого-то произойдет. Как же можно говорить про "снип должен происходить не более двух раз за всю историю человечества."?
Т.е. я к тому, что если эти цифры воспринимать буквально, то гаплогруппы новые должны каждое поколение появляться. Или вот-то тут как раз важно, чтоб мутация закрепилась в популяции, а не просто произошла?

2D.D.(57839)
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=1259&st=60&p=82457&#entry82457
это чтоли? во-первых там нет противоречий с тем, что говорю я, так как написано, что бета происходит от альфы, просто утверждается, что разделение произошло до того, как А, которая пошла от альфы после разделения, пришла в Африку. А во-вторых, я уже говорил, что проследить его аргументацию по поводу того, почему человек произошел не в Африке мне не хватает квалификации.

2Moose(57815)

"Ну так никто не спорит. Но если вероятность передачи в первом поколении 0.5, в следующем 0.5 и т. д. то вероятность новой мутации пережить 10 поколений низка. О чём и разговор."

ну я примерно понял, почему исчезает единичная мутация, вот тут написал: 2sergej(57763)
Но про перемножение вероятностей ты сильно упрощаешь. Может же быть и два сына и три. Чисто интуитивно, я сомневаюсь, что мужская линия случайного человека практически со 100%й вероятностью прервется. Вот у Рюрика же не прервалась. Но происходит это потому, что пупуляция реально растет, поэтому у отца в среднем больше одного сына.

2Moose(57808)

"В том и проблема (общепринятая в генетике) что частоты мутаций зависят не от химии а от фиксации в популяциях"

Подожжи.. Это понятно, что если речь идет о происхождении гаплогрупп и миграции народов, там важна фиксация, но если он чисто про Рюрика речь ведет, то важна именно вероятность возникновения единичной мутации. А то я в утверждения Клесова не вникал, но как мне показалось, речь-то идет прежде всего о Рюрике, не?

2D.D.(57798)

обмен информацией через форум - это изврат

2Volodya(57782)

я видел данные 60-80 тысяч. В статье Клесова, что тут пробегала - 160 тысяч. http://haplogroup-a.com/Ancient-Root-AJHG2013.pdf Вот тут действительно пишут про 581 тысячу, типа нашли свежую гаплогруппу.

2Dingo(57777)

от игрек-хромосомного духа.

2Volodya(57768)

праматерь тоже есть, в том же смысле, что и праотец, только жила она на тысяч 80 лет раньше адама и была предком по материнской линии всех женщин

2Volodya(57764)

Муся поправит, если чо, но две ошибки.
Во-первых не от одного человека, а от группы людей с одинаковой картиной мутаций в игрек-хромосоме.
А во-вторых не все люди, а все мужчины.
Ну а в-третьих, все мы родственники, два представителя какой-нибудь продвинутой гаплогруппы типа R1a1b1 имеют общего предка тысяч 5 лет назад, т.е. 200 поколений. Не думаю, что от их спаривания какие-то проблемы с вырождением будут, не настолько они и близкие.
А если ты имел в виду те доисторические времена, когда этот общий предок жил, так спаривались то его потомки с потомками других людей, просто мужские ветки этих других прервались.

2Moose(57745)

"Не совсем так. Это в растущей популяции, да. А в стабильной по численности как раз 2 детей от 2х родителей, и от отца один сын."

Ясен куй.

"Опять не так. Ты ж не забывай что вновь возникшая мутация в популяции в абсолютном меньшинстве поначалую. То есть её вымирание не означает вымирания популяции, просто в популяции останется тот вариант этой же последовательности который и сейчас (в момент появления новой мутации) преобладает. "

Щас, стоп. Я говорю исключительно о передаче мутации в игрек-хромосоме. Она передается от отца к сыну с вероятностью 100%. Т.е. 50% передачи означают, что у отца в среднем 1 сын. А это в свою очередь значит невымирающую популяцию. Может для других мутаций это не так, но я только об этих мутациях говорю.

"Но сама вероятность для мутации пережить десяток поколений будет низка."

Не знаю, счтать надо. Интуитивно - порядка вероятности того, что у отца два и больше сыновей будет. И что главное - я не вижу механизма, как эта вероятность зависит от размера популяции. Повторюсь, я говорю только о мутации в игрек хромосоме, а передалась она или нет зависит только от того, был у отца сын или нет.

"Но сама вероятность для мутации пережить десяток поколений будет низка."

Понял. Фраза "Вероятность того что мутация sweep through the whole population and become fixed будет 1/2N" не означает, что мутация будет у 100%, это значит, что закрепится. Этой формулы я не понимаю. Может для мутации, которая зависит от обоих родителей это и будет работать, но как такая формула может быть для мутации в игрек-хромосоме я не понимаю. Видимо, мы о разных вещах все-таки говорим.. хотя казалось бы, не должны.

"В теории, действительно середины нет, либо мутация исчезает, либо она заполоняет всю популяцию"

Не понял. Пусть в популяции 60% гаплогруппы А и 40% гаплогруппы Б. Почему одна из них должна через какое-то время поглотить другую? Если мутации безобидны и не влияют на пероятность родить здорового сына, я не вижу механизма, который сдвинет это равновесие. Когда мутация единична - там да, чисто стохастически она может пропасть, но когда миллион типа А и 2 миллиона типа Б все флуктуации давятся. Поясни, не понимаю.

2Moose(57747)

Вот хоть убей, не понимаю тезиса про намного больше шансов элиминироваться. Возьмем тупую модель равновесной популяции, когда у каждой семьи 2 ребенка случайного пола. Тогда с вероятность 25% мутация в первом поколении пропадет (2 девочки), 50% - передастся единственному сыну, 25% - передастся обоим сыновьям. Можно дальше считать, но интуитивно вероятность того, что мутация сохранится будет 50%. Надо подумать..

2Moose(57741)

Это понятно. Но реально в невымирающей популяции от пары родителей в среднем больше 2 детей, т.е. от отца в среднем больше одного сына. Поэтому 50% вероятность передачи конечно, может быть, но это значит, что вероятность передать наследственность 2м, 3м, 4м и так далее детям мужского пола должны быть так же значительна, иначе вымрет вся популяция, а не только данная мутация.
Скажем, если вероятность того, что 1 отец окажется без сына - например 30%, то при наличии хотя бы 4 человек, носящих данную мутацию, вероятность того, что мутация загнется на следущем поколении - 0.1%. Поэтому, как мне видится, достаточно мутации пережить несколько (десяток, скажем) поколений, чтоб ее носителей стало хотя бы 5-6 человек и можно смело говорить, что она уже не исчезнет.

2Moose(57739)
Хм. А промежуточного варианта нет чтоли? У тебя получается, что мутация либо исчезнет, либо станет господствующей (сумма вероятностей единица), а мне как-то наивно казалось, что вариант, когда а половины будет, а у половины нет должен быть самым вероятным.

2sergej(57734)

хотя глупый вопрос, наверянка все эти R1a, R1a1, R1a2, R1b как раз примеры подобных закреплений и есть.
Лучше тогда так, есть ли примеры, чтоб сыновья гаплогруппа полностью вытеснила отцовскую?

2Moose(57725)

хм. вот это я кстати, не понял еще тогда, когда первый раз тут тема гаплогрупп поднялась. Каким образом в большой популяции может выжить случайная мутация. Точнее выжить-то она понятное дело может, но чтоб стать преобладающей, нужно либо везение, либо какие-то особые условия. Вот мне и интересно было, откуда эти разные гаплогруппы в основном берутся, из-за случайности, что 1 единственный мужчина с данной мутацией своим мужским потомством подавил всю популяцию (когда говорят про гуплогрупного адама, по сути и получается, что этот 1 человек или группа родственником были предками по мужской линии всех людей на земле, это значит, что у всех остальных мужчин, современников адама, прервалась мужская линия) или все-таки в основном бывает, что выделяется относительно небольшая группа людей и уходит, что создает благоприятные условия для сохранения случайных мутаций.

Но конкретно к вопросу о рюриковичах это же неприменимо, если я правильно понимаю. Там же не о популяции речь идет, а о вполне конкретных потомках по мужской линии, исследуются их личные мутации и на их основе делаются выводы.

2D.D.(57696)

Но мы знаем, из многих сотен и тысяч экспериментов, что по всех 37 локусах мутации происходят в среднем со скоростью 0.09 мутаций на весь гаплотип на поколение, то есть раз в 11 поколений, или раз в 280 лет.

5 лет на поколение – это калиброванная величина для скорости мутации 0.09, показанной выше. Для 30 лет на поколение скорость мутации была бы равна 0.108 мутаций на гаплотип на поколение, для 20 лет на поколение – 0.072 мутаций на гаплотип на поколение. Какое бы мы число лет на поколение ни брали, все равно получится приведенная выше величина 1025 лет назад, потому что тогда надо соответственно (пропорционально) менять константу скорости мутации.

Это лютый гон какой-то.. Вероятность мутакции можно определить, просто проверив, произошла она или нет, взяв пробу ДНК у тысячи пар отец-сын.