2sergej(57963)

Так тут как раз и есть популяционная постановка вопроса! У него ж нет в руках гаплотипа общего предка, он вычисляет его через выборку гаплотипов в нынешней популяции. Находит )в явной или неявной форме) наиболее вероятное предковое сочетание и вычисляет время расхождения от него. Это не анализ индивидуальных генеалогий в чистом виде а их реконструкция по выборке в нынешней популяции. А мутации возникшие но не закрепившиеся не учитываются, естественно. Поэтому в действительности время жизни общего предка может быть определено неточно именно именно по тем причинам о которых я говорил.

И указанная мной задача тоже у Клёсова есть в чистом виде, например когда он вычисляет время расхождения носителей родственных гаплотипов в разных этносах (например, праславян и праиндусов.

2sergej(57955)

"С одной стороны он считает общее количество мутаций в выборке относительно медианы (базового гаплотипа) и делит на вероятность, с другой стороны он считает, сколько имеется базовых гаплотипов в выборке, оно уже не линейно зависит от времени, а экспоненциально. Если оба ответа совпадают - значит выборка случайна, если нет - значит в ней есть кластеры с более ранним общим предком, скажем из 100 человек у 50 общий предок 10 поколений назад, а у всей сотни - 30 поколений."

Это вот кстати в чистом виде показывает что речь здесь в первую очередь не об анализе индивидуальных генеалогий а именно об анализе групп, выборок, популяций.

2sergej(57954)

Ты то может говоришь об индивидуальной генеалогии но Клёсов то нет. Он говорит о сравнении групп людей в разных выборках имеющих несколько различий в ДНК общего происхождения. И он определяет время расхождения этих групп по времени которое требуется на аккумуляцию этих различий, а оно в свою очередь рассчитфывается по частоте возникновения различия на поколение. Вот о чём я говорю, это что расчёт такой неточен. Время требуемую на аккумуляцию различий зависит не только от возникновения но и от закрепления их.

Вот к примеру тебе задача. В популяции А и в популяции Б преобладает исходная гаплогруппа Х, но в популяции А есть два отличия по нуклеотидным полиморфизмам от популяции Б. Когда разошлись эти популяции? Клёсов перемножает 2 на частоту возникновения различий определённую в 1000 пар отец-сын и получает время расхождения. Но в действительности между линиями могло возникнуть больше различий и некоторые из них не закрепились. Поэтому реальное время может быть больше. С другой стороны какая то из предковых мутаций могла пройти через горлышко бутылки или через период мутационных взрывов (например жили в области с высокими выходами почвенного радона) - тогда время может оказаться меньше. Вот о чём речь. Чисто статистически это рассчитать трудно потому что речь не идёт о чисто статистической ошибке.

Можно с этим бороться используя калибровку как мы говорили. Но когда мы говорим об эволюции внутривидовой (современного человека), калибровка становится очень трудна, потому что ведь морфологических различий между останками нет. Можно привязываться к точкам расхождения с другими видами которые можно различить по останкам но это уже очень большие промежутки для тех вопросов которые ставятся - нужен допуск что на таких промежутках ничего не менялось. Можно наоборот использовать генеалогии документированных родов - но это наоборот слишком маленькие промежутки. Поэтому абсолютная датировка остаётся неточгной, и трудно оценить уровень этой неточности. Все это в принципе понимают но использую цифры за неимением лучших. Но вот у Клёсова цифры начинают играть принципиальную роль поскольку он их сопоставляет с датированными археологическими культурами (скажем он говорит что к примеру андроновцы или ямная культура это по датировке гаплогруппа R1a и т.п., и исходя из этого реконструирует расселение носителей R1a). С учётом неточности датировки, это не более чем гипотеза имеющая право на существование - но Доносычи и прочие поклонники воспринимают её как вывод. (Не забудем к слову что и археологические датировки постоянно меняются и уточняются тоже - Костёнки например совсем недавно удревнились чуть не на 10 тысяч лет; там свои проблемы с датировками тоже есть.)

По улучшению калибровки ведётся много исследований - используют например сателлитные ДНК которые меняются чаще поэтому калибровка на эволюционно коротких промежутках точнее, но это изменение кратности в повторяющихся последовательностях а не замены нуклеотидов как в случае SNP, механизм то есть другой, феноменология тоже другая (к примеру обратные изменения могут происходить чаще по тому же механизму) и неясно будут ли калибровки полностью совпадать. В идеале следовало бы делать датировку непосредственно по ДНК предполагаемых общих предков. И уже много работ в этом направлении ведётся, технически это осуществимо и в некоторых случаях было осуществлено, но конечно это технически намного более трудная задача, восстанавливать ДНК из останков и тем более выборку набирать для статистики ... Хотя вот по смене например населения Европы в эпоху неолита сейчас именно таким методом ведут исследования поскольку он точнее. Правда, вот предки славян и ариев подкузьмили тут - значительные периоды истории они сжигали умерших и тут с восстановлением ДНК будет труднее.

Вована подставили..
Пресс-секретарь Владимира Путина Дмитрий Песков прокомментировал появившийся в интернете видеоролик, в котором президент угрожает уволить кабинет министров, если проблема расселения жителей ветхого и аварийного жилья не решится. По словам Пескова, Путин обращается не к министрам, а к главам регионов.

«Следует отметить, что в письменной части материала суть сказанного президентом несколько искажена, поскольку вчерашнее совещание было посвящено вопросам ветхого и аварийного жилья, разговор в первую очередь велся с главами регионов, а не о кабинете министров, как это указывает издание», — цитирует пресс-секретаря РИА «Новости».

Песков добавил, что публикация закрытой части совещания возмутительна.

«То, что опубликовано, сказанное в закрытой части, является возмутительным и непозволительным с точки зрения этики. Мы имеем в виду в ближайшее время связаться с руководством издания с тем, чтобы у них запросить объяснение», — заявил он.

Ранее в среду на сайте Life News появилась видеозапись, сделанная накануне вечером в Элисте на совещании президента с губернаторами и министрами. Камера якобы случайно продолжила работать после просьбы Путина отключить запись.

«Если мы этого не сделаем, надо будет признать, что либо я работаю неэффективно, либо вы все плохо работаете, и вам нужно уйти! Обращаю ваше внимание на то, что на сегодняшний день я склоняюсь ко второму варианту!» — сказал Путин по поводу проблемного жилья

2sergej(57955)

Пабмед, Гарвард и МИТ тебе в помощь.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19221007

2Moose(57952)

нет! я говорю именно об индивидуальной генеалогии. И Клесов говорит тоже о ней. У него определение популяции - любой набор людей. И он ставит задачу найти сколько поколений назад жил ближайший общий предок этой конкретной группы людей, т.е. он именно определяет степень родства случайной выборки людей. Это чистая генеология, тут нет никакого закрепления в популяции. Для меня эта задача абсолютно строго переводится на язык математики (случайных процессов), там случайное блуждание с определенной вероятностью, из одного исходного гаплотипа возникает облако гаплотипов, определяя его дисперсию можно оценить число поколений, требуемое на то, чтоб такое облако возникло.
Другое дело, что связь этой задачи с происхождением нации, скажем, неочевидна, она подразумевает, что если мы берем достаточно большую и случайную выборку потомков одного человека, то их ближайщий общий предок будет совпадать с ближайшим общим предком ВСЕЙ популяции. Для достаточно большой выборки - это правильно, но является ли его выборка, скажем, из 150 басков достаточно большой и достаточно случайной - это вопрос.

2Moose(57953)

ок

2sergej(57951)

Нет, всё таки штука в том что в данной задаче важны оба механизма, если в качестве задачи ставится определение времени расхождения линий.
Ведь ты ерассчитываешь время исходя из того за сколько поколений в среднем одна мутация ВОЗНИКАЕТ И ЗАКРЕПЛЯЕТСЯ в популяции. Только если она закрепилась линии будут различаться. А если ты рассчитываешь это время исходя только из частоты возникновения то результат неточен.

Почему у тебя не сходится, это потому что ты смешиваешь анализ индивидуальных генеалогий с популяционными. Когда ты говоришь о периодах в тысячи и десятки тысяч лет, ты и сравниваешь не индивидуумов происходящих от одного индивидуума а группы индивидуумов с одинаковыми (или различающимися по конкретным мутациям) гаплотипами. Поэтому от популяционного аспекта и закрепления мутаций тут не отмахнёшься.

Вот если ты анализируешь индивидуальные генеалогии на коротких отрезках, тут подход другой. Но это я уже говорил.

2joff(57945)
кстати, 15 апреля ДР товарища КимИрСена.. о как!!!

2sergej(57932)
Ага, ну я понял в чём тут проблема. Попробую растолковать как я понимаю.

Мутация в данном случае используется для того чтобы оценить время расхождения между двумя линиями потомков одного предка. Логика такая что поскольку мутации возникают с определённой частотой (которая на больших числах и временных промежутках близка к вероятности возникновения) то по числу мутаций ("снипов" хотя я не люблю этот жаргон - тогда уж английское SNP) можно определить время расхождения линий.

Но в действительности тут важна не только вероятность возникновения новой мутации но и вероятность её закрепления. То есть к примеру мутации могли возникать с определённой частотой, но поскольку не все закрепились, реальный средний промежуток времени (число поколений) для закрепления мутации был выше чем промежуток рассчитанный из частоты её возникновения. Или наоборот, в какие то моменты частота мутаций подскакивала (аналог Чернобыля). Тогда промежуток получается меньше чем рассчитанный исходя из частоты возникновения мутации в нынешнее время.

Поэтому я и говорю что уровень родства число мутаций позволяет оценить достаточно точно, а вот время расхождения (то есть когда жил общий предок) - очень приблизительно, и наряду со статистической ошибкой которую оценить можно, есть систематическая вносимая неоднозначностью биологических параметров которые нам незвестны.

Что же касается индивидуальных прослеженных (как у Рюриковичей) генеалогий, тут этой проблемы с такой остротой нет но есть другая - из за небольшого числа различий и поколений, статистическая ошибка в расчёте времени жизни общего предка очень велика.

Интересный подход.

http://livesmi.com/vmire/7270-v-kitae-devushek-starshe-27-let-budut-nazyvat-obedkami,full.html?fr=f1&20

указанная дата матча заранее предполагает интересные выводы в передаче

2joff(57935)
а какая разница? всё равно пиздиловка будет

2joff(57935)

Интерес представляет время подрыва. http://www.rosbalt.ru/main/2013/04/16/1118370.html

топы и свита не пострадали. причем с гарантией. думаю обгорелый сирийский паспорт уже готов. теперь думают когда его лучше найти.

2joff(57937)
персы заложили бы ядерный фугас, не меньше.. возможно, венесуэльцы таким образом протестуют против перевыборов.. короче, кандидатов масса.

2joff(57933)
кого-то скоро будут бомбить, очевидно.. потомки КимИрСена идеально подходят, тем более, что беда не приходит одна..
У границы КНДР разбился вертолет UH-60 Black Hawk, принадлежащий военно-воздушным силам США. Об этом сообщает южнокорейское агентство «Ренхап», на которое ссылается РИА «Новости».

Че там, власти как обычно скрывают тыщу трупов?

2Moose(57931)

"То есть если ты оцениваешь временной промежуток только исходя из вероятности возникновения мутация, не учитывая того с какой вероятностью она выживает, ты можешь получить неточные цифры, верно?"

Верно. Мы, видимо, о разных вещах говорим.
Еще раз, то что мутация может не выжить - мне понятно. Но в данном случае важны только внутренние причины, которые мутацию убивают, т.е. причины, по которым мутация у меня возникла, но моему сыну не передалась. Не знаю уж точно механизмы такого, но ты сказал, что такое есть, верю.
Мое утверждение состоит в том, что если я хочу найти сколько поколений назад жил общий предок определенной группы людей, то я должен учитывать ТОЛЬКО такие внутренние причины того, что мутации не закрепились. Причины популяционные, т.е. типа таких, что у какого-то носителя мутации не было потомков мужского рода, тут учитывать не нужно. Просто потому, что при такой постановке задачи (найти ближайшего общего предка заданной группы людей) я знаю, что мужская ветвь заведомо имеется. Я ж изучаю не что будет потом, а что было раньше. А отец есть у каждого человека с вероятностью 100%. В отличие от сына, которого может и не быть.

"И про "произошла", тут смешение понятий. Не более двух раза за историю человечества закрепилась и не выпала, а произошла может существенно чаще, так я понимаю. Не забудь к тому же что на протяжении большей части истории человечества его численность была на несколько порядков ниже чем сейчас. "

Я про это и говорю. Ну значит понял тут правильно.

2Moose(57928)

"Тем не менее это процесс не чисто химический, а физиологический."

ок, ясно.

"Тем не менее всё таки нельзя забывать что фиксация мутации - вероятностный процесс, а поэтому она может занять не столько времени сколько рассчитывается из арифметических частот возникновения. "

Не. Вот это не понимаю. Причем тут размер популяции и фиксации мутации в популяции, если я ЗНАЮ, что мутация дожила до сегодняшнего дня, я ее вижу. Я говорю тут только про механизм потери мутации, связанный с тем, что непрерывная мужская линия с определенной вероятностью прерывается. Но тут мы точно знаем, что она НЕ прервалась, поэтому не понимаю, зачем говорить о фиксации мутации в популяции.

"Имеется в виду вероятность возникновения конкретного изменения (как правило касающегося одного нуклеотида раз SNP) в конкретной точке в расчёте на человека на поколение. "

Тогда это какая-то хрень. 5х10-7 на человека на поколение - это значит что на земле каждый день происходит именно эта мутация. (население земли на 3 порядка выше обратной вероятности мутации). А значит говорить про то, что конкретная мутация произошла всего 2 раза за историю человечества - бессмысленно. Она два раза в день произойти может.

" Вот ты к примеру имеешь человека и мышь. "

тут понятно.

"Внутривидовые изменения у человека в принципе можно калибровать также, но чем дальше от наших дней, тем труднее точно определить когда данные линии имели общего предка, а чем ближе к нам тем больше статистическая погрешность потому что меньше самих изменений и поколений. Поэтому это вообще говоря процесс непростой, эта калибровка. она постоянно уточняется, и датировки соответственно. если тыобратишь внимание, то сроки расхождения к примеру современного человека и неандертальца 9ближайший родственник) всё больше сдвигаются внглубь. Это и потому что калибровки уточняются, и потому что больше появляется материала для сравнения, особенно после анализа полных геномов (а разные участки генома могут с разными частотами меняться, это тоже)."

Про человека и неандертальца тоже, в принципе, понятно. Но вот как определить, сколько занимало одно поколение в виде хомо сапиенс 15000 лет назад? Их (останки людей с таким возрастом) тоже можно на дерево гаплогрупп определить? Но это же датировка плюс-минус 10 тысяч лет.. И что, эти 25 лет имеет смысл выбирать константой, а не определенной функцией времени?

"Так если я правильно помню речь о частоте какого либо изменения в изучаемой группе маркеров, а не конкретного изменения в конкретной точке. Если в анализе прослеживаются много нуклеотидных позиций, то понятно что вероятность (и частота) изменения любой позиции из этой группы выше чем одной конкретной. Отсюда расхождние цифр."

Ну это да. 0.09 было для 6 маркеров. Т.е. для одного маркера - порядка 1% должно быть. На 1000 пар отец-сын, вроде, можно определить вероятность мутации. На 10000 пар определить уже с точностью 10%, а выше никто и не претендует..

2sergej(57926)

"1-е тоже не константа? Это все-таки очень низкоуровневый процесс, на уровне молекул или клеток, почему там могут меняться частоты?"

Тем не менее это процесс не чисто химический, а физиологический. Когда возникает повреждение ДНК могут включаться разные системы репарации. Одни работают точнее, другие менее точно (то есть в результате возникают мутации). какие системы репарации включаются может зависеть от того на каком этапе происходит изменение, в каком типе клеток (то есть скажем в диплоидной клетке до образования сперматозоида это одно, в самом гаплоидном сперматозоиде, уже другое). От типа мутаций тоже зависит. некоторые мутации это ошибки воспроизведения (репликации) а не результат химических повреждений (или же ошибки репликации вызванные первоначальными химическими повреждениями). Тут опять влияют физиологические условия, типы клеток и пр. Разные полимеразы с разным уровнем ошибок работают в разных условиях. Факоры внешней среды влияют - уровень радиации, то что с пищей принимаешь (большинство канцерогенов они же и мутагены). Даже возраст когда производится потомство может влиять (чем старше тем мутаций больше - правда это больше касается крупных перестроек чем SNP и возраст матери вроде важнее чем отца, но всё это ещё недостаточно изучено). В целом огромное количество работ ведётся на эту тему.

Понятно конечно что анализировать эволюцию на дальних расстояниях просто невозможно если не сделать тут некоторых допущений, в частности такое что на дальних временных расстояниях такие разлиячия в итоге усредняются. Но надо в то же время помнить об этих допущениях и поэтому осторожно оценивать абсолютные датировки. А утверждать что всё это определяется простой химической кинетикой - абсурд.

"неинтересно для данного вопроса, потому что речь идет о данных и в явном виде непрервавшихся цепочках."

Тем не менее всё таки нельзя забывать что фиксация мутации - вероятностный процесс, а поэтому она может занять не столько времени сколько рассчитывается из арифметических частот возникновения. Это не влияет на соотношения родства но влияет на датировки. Тогда частота с которой мутации фиксируются в оределённых линиях будет складываться из частоты возникновения и частоты фиксации. Если второй компонент непостоянен в ходе истории вида (а он непостоянен если менялись эффективный размер популяции, продолжительность поколений и пр.) то цифры будут варьировать и эту вариацию без детального знания динамики изменений будет трудно оценить.


"Вот я и не понял, что именно должно происходить с вероятностью 5х10-7 на поколение. И главное, на поколение чего. Конкретного рода или популяции."

Имеется в виду вероятность возникновения конкретного изменения (как правило касающегося одного нуклеотида раз SNP) в конкретной точке в расчёте на человека на поколение.

"Ну нашел ты кость человека, ну датировал ты ее 25 тысяч лет назад. Ну выделил из нее ДНК. Дальше-то что? Где ты найдешь прямого потомка этой кости, чтоб определить, сколько там поколений прошло?"

Нет, калибровка не совсем так делается. Вот ты к примеру имеешь человека и мышь. По палеонтологической летописи ты можешь определить когда жил их общий предок (тут конечно уже не тысячи а десятки миллионов лет), по анализу ДНК - сколько между ними нейтральных изменений (значимые не годятся потому что они под прямым влиянием отбора). Отсюда проводишь калибровки. Потом берёшь третий организм, к примеру землеройку, определяешь пользуясь этой формулой как давно он разошёлся с человеком и как давно с мышью.

Внутривидовые изменения у человека в принципе можно калибровать также, но чем дальше от наших дней, тем труднее точно определить когда данные линии имели общего предка, а чем ближе к нам тем больше статистическая погрешность потому что меньше самих изменений и поколений. Поэтому это вообще говоря процесс непростой, эта калибровка. она постоянно уточняется, и датировки соответственно. если тыобратишь внимание, то сроки расхождения к примеру современного человека и неандертальца 9ближайший родственник) всё больше сдвигаются внглубь. Это и потому что калибровки уточняются, и потому что больше появляется материала для сравнения, особенно после анализа полных геномов (а разные участки генома могут с разными частотами меняться, это тоже).

"И это не говоря о том, что не только частоты могут меняться, там и величина поколения может меняться."

Ага. И чем дальше от нас тем меньше мы знаем насколько. Я потому и говорю - временные датировки носят условный характер, и оценить можно только чисто статистическую ошибку но не другие компоненты ошибки о которых часто у нас информации нет. гораздо более надёжны утверждения степени родства и структура разветвляющихся древ.

"Там же частоты типа 0.09 были. Или это о чем-то другом"

Так если я правильно помню речь о частоте какого либо изменения в изучаемой группе маркеров, а не конкретного изменения в конкретной точке. Если в анализе прослеживаются много нуклеотидных позиций, то понятно что вероятность (и частота) изменения любой позиции из этой группы выше чем одной конкретной. Отсюда расхождние цифр.

2Moose(57921)

"1) превращение повреждения в наследуюмую мутацию (это в действительности сложный физиологический процесс на который многое влияет - пбольшинство первичных повреждений убираются клеточными системами репарации, которые однако и сами не безошибочны); 2) закрепление мутации в популяции (об этом мы уже говорили)."

1-е тоже не константа? Это все-таки очень низкоуровневый процесс, на уровне молекул или клеток, почему там могут меняться частоты?
2-е неинтересно для данного вопроса, потому что речь идет о данных и в явном виде непрервавшихся цепочках.

"Тут я не очень понял в чём вопрос, поэтому если можешь, поясни подробнее."

Читаю ссылку ДД
http://rugiland.narod2.ru/geneticheskie_klassifikatsii/dnk-genealogiya_osnovnie_printsipi_opisanie_sovremennogo_sostoyaniya_nauki_metodi_raschetov_vremen_zhizni_predkov_rodov_plemen_dnk-genealogicheskih_linii/

там дано определение снипа, образующего гаплогруппу:
1)снип, образующий гаплогруппу, должен происходить со скоростью, не превышающей 5×10-7/поколение,
2)снип должен происходить не более двух раз за всю историю человечества.

Вот я и не понял, что именно должно происходить с вероятностью 5х10-7 на поколение. И главное, на поколение чего. Конкретного рода или популяции.

2Moose(57924)

Про генеологию-то понятно, но это малоинтересно. Вопрос как раз про порядки времен 10ки тысяч лет. Вот как там калибровать непонятно. Ну нашел ты кость человека, ну датировал ты ее 25 тысяч лет назад. Ну выделил из нее ДНК. Дальше-то что? Где ты найдешь прямого потомка этой кости, чтоб определить, сколько там поколений прошло?
И это не говоря о том, что не только частоты могут меняться, там и величина поколения может меняться.


2Moose(57925)

не понял. Там же частоты типа 0.09 были. Или это о чем-то другом?

2sergej(57887)

Калибруют в основном на расходящихся ветвях, привязываясь к исторической (в коротких генеалогиях) или палеонтологических (дальней, когда например сравнивают нрасхождение человек-обезъяна, человек-мышь, и т. п.) хронологии. При этом короткие генеалогии дают большую ошибку и при калибровке, а дальние построены на допущении постоянства частот во времени, об условности которого я уже говорил.

2Andrew(2)(57851)
Ну я нисколько не сомневался что ты будешь не согласен. Вот если б ты согласился тут бы я задумался ...

Впрочем проблема обработки большого количества данных в биологии сейчас конечно тоже возникает. Но связано это не с тем что у полчающих эти данные нет мыслей в голове, а с тем что некоторых категорий данных (например геномных последовательностей) становится уж очень много. Оригинальные работы тут связаны с разработкой например новых компьютерных подходов способных обработать эти данные (оригинальность таких работ, в первую очередь, в области информатики, но новые подходжы могут приводить и к оригинальным биологическим выводам). у Клёсова однако я таких принципиально новых подходов к обработке данных не нашёл - в основном он пользуется более или менее общепринятыми методиками сравнения последовательностей (изучил их он, для не специалиста в данной области если судить по образованию и прежней карьере, в общем неплохо). Полагаю что если б у него действительно принципиально новые методы были публикаций в сильных журналах было бы побольше - интерес к методам обработки и сравнения последовательностей ДНК сейчас большой.

комсомолки в 30-х вполне так себе трусы носили
http://ic.pics.livejournal.com/nadezhdmorozova/20244507/196687/196687_original.jpg

2Philly...(57916)

ну ты деревня! сказано: гарнитур женский --6 штук (сорочка и портки)... в те годы бабы вниз одевали комбинации.

а вот зимнюю одежу всем зажали --ни шубы, ни польта, ни даже тулупа..... морозься, гагарин, в демисезонке.... не удивительно што он вскоре дал дуба.

2поляк(57914)
балавство это, жене да же трусы не выдали, читай внимательно. мож не заслужила?