2Moose(57964)

"У него ж нет в руках гаплотипа общего предка"

он берет медианный гаплотип, исходя из симметричной мутации в обе стороны. Не вижу в этом проблемы.

"Это не анализ индивидуальных генеалогий в чистом виде а их реконструкция по выборке в нынешней популяции."

Правильно. И что?

"А мутации возникшие но не закрепившиеся не учитываются, естественно."

Да е-мое..
Ну смотри. есть 100 человек, я для всех 100 человек строю воображаемую генеалогическую линию вверх, от сына к отцу. Когда-то все эти линии пересекутся. Рассмотрим этого неизвестного общего предка с неизвестным гаплотипом. Про него мы не знаем ничего кроме одного, что у него есть как минимум сотня (реально много больше) потомков по мужской линии.
Теперь рассмотрим любую из линий от этого общего предка до нынешнего потомка. На каждом шаге возможны мутации в каждом маркере с определенной вероятностью. Причем, еще раз подчеркну, нам точно известно, что мужская линия эта существует. Если бы нам был известен гаплотип общего предка, то, зная вероятности каждой мутации на каждом шаге мы можем посчитать вероятность ЛЮБОГО гаплотипа через n поколений. Это задача чисто математическая, я тебе ответ за 5 минут напишу. Тут, еще раз подчеркну, нет ничего от популяционной генетики, потому что любая мутация заведомо передастся, так как сын со 100% вероятностью есть.
Теперь у нас есть сотня гаплотипов, про которые мы знаем, что они произошли от одного общего предка и предполагаем, что среди всех потомков этого предка наша выборка случайна. Дальше опять же, чисто математическая задача, зная вероятность получания любого гаплотипа через n поколений как функцию начального гаплотипа, найти наиболее приемлимое значения для числа n и наиболее приемлимый начальный гаплотип общего предка, которые самым лучшим способом опишет выборку из 100 гаплотипов потомков.

Ну нет в такой постановке задачи ничего от популяционной фиксации мутаций. нету.
Были сделаны несколько предположений, которые позволили сформулировать математическую задачу и/или упростить ее решение.
1) вероятность мутации вверх и вниз равны.
2) вероятности мутаций постоянны во времени
3) выборка среди всех потомков неизвестного общего предка случайна.
По каждому из предположений, уверен, можно спорить. Но если эти предположения принять, то задача абсолютно строго сводится к задаче одномерной дискретной диффузии, и после того, как это сделано, про биологию и генетику можно смело забыть, что Клесов и делает.