2sergej(57965)

"он берет медианный гаплотип, исходя из симметричной мутации в обе стороны. Не вижу в этом проблемы."

Ну как я объяснил с этим проблема тоже может быть если возникновение или закрепление мутаций не равновероятно - но предположим что он прав.

"Правильно. И что"

То что это уже анализ не конкретной индивидуальной генеалогии, а её реконструкция по выборке, части популяции. Соответственно ты не анализируешь прямо отца, сына, внука и пр. а реконструируишь их гаплотипы с определёнными вероятностями. То есть факторы влияющие на эти вероятности могут оказывать влияние на твою реконструкцию.

"Ну смотри. есть 100 человек, я для всех 100 человек строю воображаемую генеалогическую линию вверх, от сына к отцу. Когда-то все эти линии пересекутся. Рассмотрим этого неизвестного общего предка с неизвестным гаплотипом. Про него мы не знаем ничего кроме одного, что у него есть как минимум сотня (реально много больше) потомков по мужской линии. Теперь рассмотрим любую из линий от этого общего предка до нынешнего потомка. На каждом шаге возможны мутации в каждом маркере с определенной вероятностью."

Верно. но кто то из потомков с мутациями оставит потомство дожившее до наших дней а кто то нет, а кто нет.

"Причем, еще раз подчеркну, нам точно известно, что мужская линия эта существует. Если бы нам был известен гаплотип общего предка, то, зная вероятности каждой мутации на каждом шаге мы можем посчитать вероятность ЛЮБОГО гаплотипа через n поколений. Это задача чисто математическая, я тебе ответ за 5 минут напишу.

Погоди погоди. Ты ж должен знать не только вероятность но и число особей в каждом поколении, верно? если какие то линии размножются а другие прерываются то оно в разных линиях не одинаково. Ты делаешь допущение что это ни на что не влияет в конечном счёте и твоя выборка выживвших является репрезентативной выборкой всех потомков - именно это утверждение я и ставлю под сомнение.

"Тут, еще раз подчеркну, нет ничего от популяционной генетики, потому что любая мутация заведомо передастся, так как сын со 100% вероятностью есть."

У кого то есть один, у кого то несколько, у кого то ни одного, и вот здесь уже и начинается популяционная генетика. Ты ж сам сказал что у предка помимо 100 потомков которых ты знаешь есть много потомков которых ты не знаешь. Среди них есть и линии которые оборвались, то есть мутации которые потерялись. Ты видишь то что сохранилось, но вот чтобы считать частоты, ты уже должен принимать во внимание и то что что то не сохранилось. И насколько репрезентативна твоя выборка сохранившегося?

"Теперь у нас есть сотня гаплотипов, про которые мы знаем, что они произошли от одного общего предка и предполагаем, что среди всех потомков этого предка наша выборка случайна."

Ага. Вот это и есть проблема. То есть если фиксация мутаций не была равновероятна то и выборка может быть неслучайной.

"По каждому из предположений, уверен, можно спорить. Но если эти предположения принять, то задача абсолютно строго сводится к задаче одномерной дискретной диффузии, и после того, как это сделано, про биологию и генетику можно смело забыть, что Клесов и делает."

Ну так в том и дело, что с точки зрения биологии и генетики, об этих допущениях забыть нельзя. Что я и пытаюсь до тебя донести. Я именно и спорю по допущениям. То что расчёт соответствуют упрощённой математической модели не принимающей во внимание то что мы уже знаем - это так. Я говорю что мы знаем уже достаточно чтобы сомневаться в точности такого упрощения.
(О генетике впрочем забыть было бы нельзя по любому - уже то что Y хромосома всегда передаётся от отца к сыну, это правило генетики, из химической кинетики или математики оно не вытекает.)