2sergej(57987)
Во-во ... это ж не выборка независмых единиц, они связаны, а потому в ходе формирования выборки могли происходить флуктуации и т.п. Это ж что я пытаюсь втолковать.

2Moose(57986)

да, это примерно то, что я тут 2sergej(57987) написал.. Это может быть важно. Про это у Клесова ничего нет по крайней мере.

2sergej(57985)

"Ну тогда потомков хана я в сегодняшней выборке и не увижу :) И проблемы нет."

А если вырезал не всех?

То есть вот такой пример последовательного расширения и сужения одной линии может создать видимость репрезентативности выборки а в действительности в ней могут быть представлены линии имевшие большие шансы закрепления мутации в силу предистории, а потом уменьшившиеся в числе. и выявить это будет не очень просто. Это вот примерно то что я говорю об учёте биологических событий.

2sergej(57981)
Ну как умею так и общаюсь. Хотя так большинство вроде понимают в итоге.
Ты ж не забывай что хотя тема мне в принципе интересна и близка, но это не прямо предмет моих исследований. То есть до такого уровня чтобы самому понять я разобрался в ней, а чтобы другим хорошо объяснить надо наверное ещё совершенствоваться ... вот пытаюсь.

2Moose(57979)

если на ребенка, то на братьев абсолютно пофиг. В цепочке на каждом шаге могут быть мутации с заданной вероятностью. Больше мне ничего для рассчета не надо.

ЗЫ по поводу 0.09:
"СРЕДНЯЯ СКОРОСТЬ МУТАЦИИ НА ГАПЛОТИП, для первых 6-ти маркеров в «научном формате», DYS19, 388, 390, 391, 393, 393 – 0.088 мутаций на гаплотип на поколение, для первых 12-ти маркеров (первая панель маркеров в формате FTDNA) – 0.022 мутации на гаплотип на поколение, для первых 25-ти маркеров – 0.046 мутаций на гаплотип на поколение, для первых 37-ти маркеров – 0.09 мутаций на гаплотип на поколение, для 67-ми маркеров – 0.145 мутаций на гаплотип на поколение. "

2ДуХ(57973)
дык харашо ещё, шо мы стабой в генетике не сильно рубим... атоб получилося ниже моего поста следующее...
а асиол сигизмундовичь как был прав а? такую перспективную тему "трусы жены инженера Гагарина" на корню и засрали. и этат вандал-причендал ищо деревней абазвал :(... оч несправедлива я щитаю... вот те и сермяжная "хея" с "до того" :)

2Moose(57975)

Ага. Судя по этому, все-таки дело в том, что вероятность возникновения мутации это в рассчете на поколение, а не на ребенка.
Ну тогда просто надо брать вероятность возникновения мутации при рождении одного ребенка - и становится абсолютно пофиг, сколько у него братьев и у скольких из них оборвались мужские линии.

2Moose(57974)

"Задача сравнения двух линий по времени расхождения (в которой ты согласился что я прав) "

Не, я согласился, что ты прав в задаче, где ищется общий предок двух популяций, типа русских и индийцев.

"Всё что я говорю что частота мутации в расчёте на поколение зависит не только от её появления но и от закрепления"

Вот эту мантру ты повторяешь уже 10й раз. Если речь идет о закреплении физиололгическом, тут я тебя понимаю. Если о популяционном, то нет. Популяционное закрепление связано только с тем, что мужские линии могут прерываться, тут, по факту, они не прерываются. Так что не понимаю тебя.

"Ты говоришь что вот мол раз потомок выжил то мутация закрепилась. Верно."

уже хорошо

"Но у гипотетического предка могло быть много других потомков которые не выжили и их мутации не закрепились."

А мне на них не пофиг? Я рассматриваю конкретную цепочку и мутации в этой цепочке. То, что у этой цепочки могут быть побочные ветки мне фиолетово.

"То есть число ВОЗНИКЩИХ мутаций между предком и потомком (которые ты видишь не все) могло быть больше чем число закрепившихся (которые ты видишь)."

Да пофиг мне на возникшие мутации при рождении других детей. Мне важно, что при рождении каждого элемента моей цепочки от предка к данному потомку вероятность мутации - такая-то.
Или подожди, ты хочешь сказать, что вот эти цифры типа 0.09 на поколение, это в рассчете не на одного ребенка, а на всех? Если так, это просто этот параметр неудобен для этой задачи, надо говорить о вероятности возникновения мутации про рождении (ну или зачатии, наверно) конкретного ребенка.

"Ты вот например не имеешь проблем с тем что гипотетический общий предок вычисляется по медиане, по принципу равноудалённости. Но многие учёные имеют, потому что не всегда это правильный подход. Он опять же подразумевает равновероятность не только появления но и закрепления мутаций во всех направлениях от общего предка, тогда в действительности это может тоже быть не так"

Не вопрос, модифицируем модель, вводим разные вероятности мутаций вверх и вниз, тогда будет не медиана, а что-то другое. В самом общем случае сам базисный гаплотип будет величиной, определяемой из статистического подхода.

"Если не убедил, сейчас ещё попробую ответить на твои вопросы."

Не убедил. Я провел рассуждение, укажи в нем ошибку. Вот тут: 2sergej(57965)
Это ж математика чистая, там нет уже ничего от биологии. Т.е. либо у меня где-то ошибка в математике (это врядли), либо я что-то не понимаю в исходных посылках модели, тут ты, как профессор должен по идее ошибку увидеть, если она есть.

2sergej(57965)

Ну попробую ещё раз. И честно говоря я сам не пойму в чём у тебя проблема, то есть у меня такая же реакция как у тебя, поэтому лучше не раздражаться а попытаться понять. Задача сравнения двух линий по времени расхождения (в которой ты согласился что я прав) и задача определения когда жил гипотетический общий предок многих людей (где ты утверждаешь что я неправ) на самом ведь деле математически ничем не отличаются. И в том и в другом случае ты определяешь число отличающихся мутаций (друг от друга или от общего предка) и затем определяешь число поколений нужных для возникновения этого числа мутаций (исходя из того как часто возникает мутация в расчёте на поколение). Всё что я говорю что частота мутации в расчёте на поколение зависит не только от её появления но и от закрепления, поэтому её нельзя считать только по частоте появления (измеряемой в сравнении пар отец-сын). Ты говоришь что вот мол раз потомок выжил то мутация закрепилась. Верно. Но у гипотетического предка могло быть много других потомков которые не выжили и их мутации не закрепились. То есть число ВОЗНИКЩИХ мутаций между предком и потомком (которые ты видишь не все) могло быть больше чем число закрепившихся (которые ты видишь). Соответственно временной период от предка до потомка если мерять по частоте возникновения а не закрепления мутаций может оказаться неверным. Мне непонятно где у тебя проблема с этим утверждением?

Эта конечно только часть вопроса. Штука именно в том что ты не можешь здесь строить конкретную линию от отца к сыну, ты строишь именно воображаемую. И как она строится это тоже не вполне однозначно. Ты вот например не имеешь проблем с тем что гипотетический общий предок вычисляется по медиане, по принципу равноудалённости. Но многие учёные имеют, потому что не всегда это правильный подход. Он опять же подразумевает равновероятность не только появления но и закрепления мутаций во всех направлениях от общего предка, тогда в действительности это может тоже быть не так. Существует большая литература в области молекулярной эволюции где предлагаются разные подходы к вычислению ДНК последовательностей общего предка (это отнюдь не относится только к гаплотипам человека, та же проблема возникает когда к примеру реконструируют последовательности у общих предков бактерий и эукариот и т. п.). Но это я сейчас не затрагиваю, я предполагаю что они правы выбирая медиану (в принципе из анализа самих данных можно во многих случаях заключить оправдвано ли допущение равновероятности - я предполагаю базируясь на их описании что они провели такой анализ, хотя в принципе это вот как раз задача рецензента статьи проверять насколько чётко провели). Я сейчас о другом говорю - об определении временных промежутков, поскольку именно это важно для соотношения с археологическими культурами. то кто к кому ближе родня и кто дальше, эту часть анализа я под сомнение не ставлю.

Если не убедил, сейчас ещё попробую ответить на твои вопросы.

2ДуХ(57970)
"нужно тебе до того". чёта я фразу вырвал из контекста. больше не буду. сори.

2sergej(57968)
ну ты много хочешь. это загон. тут не место для спрашивающих слабаков, или пытающихся ловить суть вопросов. тут главное успеть ответить на то шо нужно тебе до того как спросят про то шо нужно им.

2ДуХ(57967)

у него ответы обычно слабо с вопросом коррелируют..

2Moose(57964)

вот тяжело с тобой говорить.. не знаю, как ты со студентами общаешься..
С одной стороны, вот возник у меня вопрос про непостоянность скорости мутации - ты его увидел и четко ответил. Нормально, я, непрофессионал, понял суть со второго раза. А вот тут - затык какой-то. Ты не отвечаешь на мои аргументы, ты повторяешь одно и то же, фактически игнорируя то, что говорю я. Я вполне допускаю, что это я тупой, а не ты, но ты, как ученый и специалист в данной области, просто обязан уловить суть моего непонимания и дать на него четкий ответ. А ты именно в этом моменте его не можешь дать уже после доброго десятка итераций. Я уже начинаю сомневаться, то ли я тупой, то ли у тебя глаз замылен и ты просто не видишь того, что вижу я, соверешенный дилетант. Так бывает :) Вчитайся в то, что пишу я, мож все-таки ты чего-то не понимаешь?

2sergej(57963)

Так тут как раз и есть популяционная постановка вопроса! У него ж нет в руках гаплотипа общего предка, он вычисляет его через выборку гаплотипов в нынешней популяции. Находит )в явной или неявной форме) наиболее вероятное предковое сочетание и вычисляет время расхождения от него. Это не анализ индивидуальных генеалогий в чистом виде а их реконструкция по выборке в нынешней популяции. А мутации возникшие но не закрепившиеся не учитываются, естественно. Поэтому в действительности время жизни общего предка может быть определено неточно именно именно по тем причинам о которых я говорил.

И указанная мной задача тоже у Клёсова есть в чистом виде, например когда он вычисляет время расхождения носителей родственных гаплотипов в разных этносах (например, праславян и праиндусов.

2sergej(57955)

"С одной стороны он считает общее количество мутаций в выборке относительно медианы (базового гаплотипа) и делит на вероятность, с другой стороны он считает, сколько имеется базовых гаплотипов в выборке, оно уже не линейно зависит от времени, а экспоненциально. Если оба ответа совпадают - значит выборка случайна, если нет - значит в ней есть кластеры с более ранним общим предком, скажем из 100 человек у 50 общий предок 10 поколений назад, а у всей сотни - 30 поколений."

Это вот кстати в чистом виде показывает что речь здесь в первую очередь не об анализе индивидуальных генеалогий а именно об анализе групп, выборок, популяций.

2sergej(57954)

Ты то может говоришь об индивидуальной генеалогии но Клёсов то нет. Он говорит о сравнении групп людей в разных выборках имеющих несколько различий в ДНК общего происхождения. И он определяет время расхождения этих групп по времени которое требуется на аккумуляцию этих различий, а оно в свою очередь рассчитфывается по частоте возникновения различия на поколение. Вот о чём я говорю, это что расчёт такой неточен. Время требуемую на аккумуляцию различий зависит не только от возникновения но и от закрепления их.

Вот к примеру тебе задача. В популяции А и в популяции Б преобладает исходная гаплогруппа Х, но в популяции А есть два отличия по нуклеотидным полиморфизмам от популяции Б. Когда разошлись эти популяции? Клёсов перемножает 2 на частоту возникновения различий определённую в 1000 пар отец-сын и получает время расхождения. Но в действительности между линиями могло возникнуть больше различий и некоторые из них не закрепились. Поэтому реальное время может быть больше. С другой стороны какая то из предковых мутаций могла пройти через горлышко бутылки или через период мутационных взрывов (например жили в области с высокими выходами почвенного радона) - тогда время может оказаться меньше. Вот о чём речь. Чисто статистически это рассчитать трудно потому что речь не идёт о чисто статистической ошибке.

Можно с этим бороться используя калибровку как мы говорили. Но когда мы говорим об эволюции внутривидовой (современного человека), калибровка становится очень трудна, потому что ведь морфологических различий между останками нет. Можно привязываться к точкам расхождения с другими видами которые можно различить по останкам но это уже очень большие промежутки для тех вопросов которые ставятся - нужен допуск что на таких промежутках ничего не менялось. Можно наоборот использовать генеалогии документированных родов - но это наоборот слишком маленькие промежутки. Поэтому абсолютная датировка остаётся неточгной, и трудно оценить уровень этой неточности. Все это в принципе понимают но использую цифры за неимением лучших. Но вот у Клёсова цифры начинают играть принципиальную роль поскольку он их сопоставляет с датированными археологическими культурами (скажем он говорит что к примеру андроновцы или ямная культура это по датировке гаплогруппа R1a и т.п., и исходя из этого реконструирует расселение носителей R1a). С учётом неточности датировки, это не более чем гипотеза имеющая право на существование - но Доносычи и прочие поклонники воспринимают её как вывод. (Не забудем к слову что и археологические датировки постоянно меняются и уточняются тоже - Костёнки например совсем недавно удревнились чуть не на 10 тысяч лет; там свои проблемы с датировками тоже есть.)

По улучшению калибровки ведётся много исследований - используют например сателлитные ДНК которые меняются чаще поэтому калибровка на эволюционно коротких промежутках точнее, но это изменение кратности в повторяющихся последовательностях а не замены нуклеотидов как в случае SNP, механизм то есть другой, феноменология тоже другая (к примеру обратные изменения могут происходить чаще по тому же механизму) и неясно будут ли калибровки полностью совпадать. В идеале следовало бы делать датировку непосредственно по ДНК предполагаемых общих предков. И уже много работ в этом направлении ведётся, технически это осуществимо и в некоторых случаях было осуществлено, но конечно это технически намного более трудная задача, восстанавливать ДНК из останков и тем более выборку набирать для статистики ... Хотя вот по смене например населения Европы в эпоху неолита сейчас именно таким методом ведут исследования поскольку он точнее. Правда, вот предки славян и ариев подкузьмили тут - значительные периоды истории они сжигали умерших и тут с восстановлением ДНК будет труднее.

Вована подставили..
Пресс-секретарь Владимира Путина Дмитрий Песков прокомментировал появившийся в интернете видеоролик, в котором президент угрожает уволить кабинет министров, если проблема расселения жителей ветхого и аварийного жилья не решится. По словам Пескова, Путин обращается не к министрам, а к главам регионов.

«Следует отметить, что в письменной части материала суть сказанного президентом несколько искажена, поскольку вчерашнее совещание было посвящено вопросам ветхого и аварийного жилья, разговор в первую очередь велся с главами регионов, а не о кабинете министров, как это указывает издание», — цитирует пресс-секретаря РИА «Новости».

Песков добавил, что публикация закрытой части совещания возмутительна.

«То, что опубликовано, сказанное в закрытой части, является возмутительным и непозволительным с точки зрения этики. Мы имеем в виду в ближайшее время связаться с руководством издания с тем, чтобы у них запросить объяснение», — заявил он.

Ранее в среду на сайте Life News появилась видеозапись, сделанная накануне вечером в Элисте на совещании президента с губернаторами и министрами. Камера якобы случайно продолжила работать после просьбы Путина отключить запись.

«Если мы этого не сделаем, надо будет признать, что либо я работаю неэффективно, либо вы все плохо работаете, и вам нужно уйти! Обращаю ваше внимание на то, что на сегодняшний день я склоняюсь ко второму варианту!» — сказал Путин по поводу проблемного жилья

2sergej(57955)

Пабмед, Гарвард и МИТ тебе в помощь.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19221007

2Moose(57952)

нет! я говорю именно об индивидуальной генеалогии. И Клесов говорит тоже о ней. У него определение популяции - любой набор людей. И он ставит задачу найти сколько поколений назад жил ближайший общий предок этой конкретной группы людей, т.е. он именно определяет степень родства случайной выборки людей. Это чистая генеология, тут нет никакого закрепления в популяции. Для меня эта задача абсолютно строго переводится на язык математики (случайных процессов), там случайное блуждание с определенной вероятностью, из одного исходного гаплотипа возникает облако гаплотипов, определяя его дисперсию можно оценить число поколений, требуемое на то, чтоб такое облако возникло.
Другое дело, что связь этой задачи с происхождением нации, скажем, неочевидна, она подразумевает, что если мы берем достаточно большую и случайную выборку потомков одного человека, то их ближайщий общий предок будет совпадать с ближайшим общим предком ВСЕЙ популяции. Для достаточно большой выборки - это правильно, но является ли его выборка, скажем, из 150 басков достаточно большой и достаточно случайной - это вопрос.

2Moose(57953)

ок

2sergej(57951)

Нет, всё таки штука в том что в данной задаче важны оба механизма, если в качестве задачи ставится определение времени расхождения линий.
Ведь ты ерассчитываешь время исходя из того за сколько поколений в среднем одна мутация ВОЗНИКАЕТ И ЗАКРЕПЛЯЕТСЯ в популяции. Только если она закрепилась линии будут различаться. А если ты рассчитываешь это время исходя только из частоты возникновения то результат неточен.

Почему у тебя не сходится, это потому что ты смешиваешь анализ индивидуальных генеалогий с популяционными. Когда ты говоришь о периодах в тысячи и десятки тысяч лет, ты и сравниваешь не индивидуумов происходящих от одного индивидуума а группы индивидуумов с одинаковыми (или различающимися по конкретным мутациям) гаплотипами. Поэтому от популяционного аспекта и закрепления мутаций тут не отмахнёшься.

Вот если ты анализируешь индивидуальные генеалогии на коротких отрезках, тут подход другой. Но это я уже говорил.

2joff(57945)
кстати, 15 апреля ДР товарища КимИрСена.. о как!!!

2sergej(57932)
Ага, ну я понял в чём тут проблема. Попробую растолковать как я понимаю.

Мутация в данном случае используется для того чтобы оценить время расхождения между двумя линиями потомков одного предка. Логика такая что поскольку мутации возникают с определённой частотой (которая на больших числах и временных промежутках близка к вероятности возникновения) то по числу мутаций ("снипов" хотя я не люблю этот жаргон - тогда уж английское SNP) можно определить время расхождения линий.

Но в действительности тут важна не только вероятность возникновения новой мутации но и вероятность её закрепления. То есть к примеру мутации могли возникать с определённой частотой, но поскольку не все закрепились, реальный средний промежуток времени (число поколений) для закрепления мутации был выше чем промежуток рассчитанный из частоты её возникновения. Или наоборот, в какие то моменты частота мутаций подскакивала (аналог Чернобыля). Тогда промежуток получается меньше чем рассчитанный исходя из частоты возникновения мутации в нынешнее время.

Поэтому я и говорю что уровень родства число мутаций позволяет оценить достаточно точно, а вот время расхождения (то есть когда жил общий предок) - очень приблизительно, и наряду со статистической ошибкой которую оценить можно, есть систематическая вносимая неоднозначностью биологических параметров которые нам незвестны.

Что же касается индивидуальных прослеженных (как у Рюриковичей) генеалогий, тут этой проблемы с такой остротой нет но есть другая - из за небольшого числа различий и поколений, статистическая ошибка в расчёте времени жизни общего предка очень велика.

Интересный подход.

http://livesmi.com/vmire/7270-v-kitae-devushek-starshe-27-let-budut-nazyvat-obedkami,full.html?fr=f1&20

указанная дата матча заранее предполагает интересные выводы в передаче

2joff(57935)
а какая разница? всё равно пиздиловка будет